Ссылки открываются в новой вкладке. Кнопки «Нерабочий» / «Рабочий» меняют только отображение в этом файле (хранятся в браузере). После перезапуска скрипта откройте заново сгенерированный HTML — пометки останутся, если имя файла и путь те же (localStorage привязан к origin).